Sampai dengan tahun 2021, UNY memiliki 89 jurnal yang tersebar di 7 fakultas, 2 Lembaga, dan Pascasarjana, di mana sampai bulan Maret 2021 ini, 55 di antaranya telah terakreditasi nasional atau terindeks Sinta (Science and Technology Index). Dari 55 jurnal yang sudah tarakreditasi, baru ada 1 jurnal yang berada peringkat 1 dan terindeks Scopus, 15 jurnal berada pada peringkat 2, 18 jurnal berada pada peringkat 3, 13 jurnal berada pada peringkat 4, dan 8 jurnal berada pada peringkat 5. Adapun jurnal UNY yang belum terakreditasi yaitu mencapai 34 jurnal.