Pendidikan tinggi diselenggarakan untuk menyiapkan peserta didik menjadi anggota masyarakat yang memiliki kemampuan akademik dan/atau profeasional yang dapat merapkan, mengembangkan, dan menciptakan ilmu pengetahuan, teknologi dan kesenian.
1. Pendidikan Akademik
Saat ini, Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) menyelanggarakan program pendidikan akademik sarjana dan pascasarjana. Tujuan dari program pendidikan akademik ini adalah menyiapkan peserta didik (mahasiswa) menjadi warga negara yang beriman dan bertaqwa terhadap Tuhan Yang Maha Esa, berjiwa Pancasila, memiliki integritas kepribadian yang tinggi, terbuka, dan tanggap terhadap perubahan dan kemajuan ilmu pengetahuan, teknologi, dan kesenian berkaitan dengan bidang keahliannya.
Program sarjana merupakan jenjang pertama program akademik di perguruan tinggi, yang mempunyai beban studi 144-160 SKS. Program S1 dijadwalkan sekurang-kurangnya 8 semester dan selama-lamanya 14 semester setelah pendidikan menengah. Di UNY, mahasiswa S1 dapat mengambil mata kuliah tugas akhir apabila yang bersangkutan telah menyelesaikan mata kuliah sekurang-kurangnya 110 SKS dengan IPK sekurang-kurangnya 2,00.
Program pascasarjana terdiri atas program magister dan program doctor. Program magister merupakan jenjang kedua program akademik, yang mempunyai beban studi akumulatif 36-50 SKS. Program magister ini dijadwalkan untuk 4 semester dan dapat ditempuh dalam waktu 4-8 semester setelah program sarjana.
Sedangkan, Program Doctor merupakan jenjang ketiga program akademik, yang mempunyai beban studi akumulatif sekurang-kurangnya 40 SKS. Program ini dijadwalkan untuk 4 semester dan dapat ditempuh dalam waktu 4-10 semester setelah program magister.
2. Pendidikan Profesional
Pendidikan profesional adalah pendidikan yang diarahkan terutama pada kesiapan penerapan keahlian tertentu dan diselenggarakan oleh akademi, politeknik, sekolah tinggi, institut, dan universitas.
Berdasarkan PP 60 tahun 1999 dan SK Mendiknas Nomor 232/U/2000, Pendidikan profesional bertujuan menyiapkan peserta didik menjadi anggota masyarakat yang memiliki kemampuan profesional dalam menerapkan, mengembangkan, dan menyebarluaskan teknologi dan kesenian serta mengupayakan penggunaannya untuk meningkatkan taraf kehidupan masyarakat dan memperkaya kebudayaan nasional. Pendidikan profesional terdiri atas program Diploma I, Diploma II, Diploma III, dan Diploma IV.
Program pendidikan profesional yang diselenggarakan UNY hanya berupa pendidikan Diploma III (D3). Program pada jenjang ini diarahkan pada lulusan yang mempunyai kemampuan dalam bidang kerja yang bersifat rutin maupun yang belum akrab dengan sifat-sifat maupun kontekstualnya, secara mandiri dalam pelaksanaan maupun tanggungjawab pekerjaannya, serta mampu melaksanakan pengawasan dan bimbingan atas dasar keterampilan manajerial yang dimilikinya. Sesuai dengan peraturan akademik, UNY program Diploma III diselenggarakan maksimal selama 10 semester.