Dari segi fisik Data center UNY memiliki beberapa lapis kemanan, mulai dari pengamanan oleh petugas security di pintu depan Gedung Data Center, kemudian adanya Finger Print system untuk membuka pintu ruangan data center, dan masih juga diterapkan finger print system ketika hendak memasuki ruang data center utama. Maka, selain petugas yang memiliki hak akses terhadap pintu data center tidak akan bisa memasukinya tanpa terlebih dahulu disetting sidik jarinya agar diterima oleh system untuk membuka kedua pintu tersebut.
Di dalam ruang utama data center diterapkan system pendingin udara ruangan yang berbeda dengan system Air Conditioner (AC) yang kebanyakan dipasang pada ruangan umumnya. System pendingan berupa alat menyerupai almari besar dan terdapat dua buah sebagai cadangan apabila pada salah satu mesin mengalami kerusakan. Mesin ini bekerja untuk menstabilkan suhu ruangan sesuai batas minimal yang telah disetting sebelumnya. Mengikuti hukum kelembapan udara, bahwa udara panas akan mengalir kebawah sedangkan udara dingin akan naik keatas, maka dalam ruang data center utama diterapkan system Rise Floor, yaitu lantai yang dinaikkan atau dengan kata lain bahwa lantai untuk menempatkan rak-rak server dibuat lebih tingga dari lantai sekitarnya.
Keberadaan data center tentu saja memerlukan daya listrik yang besar dan harus menyala secara terus menerus. Maka selain jalur listrik utama dari PLN masih terdapat jalur listrik yang bersumber dari Genset dan Baterai / UPS. UPS pun terdapat dua buah agar bisa bekerja secara optimal dan saling bergantian apabila terjadi listrik padam